Las principales líneas de investigación que se están desarrollando actualmente son:

◊ Desarrollo de metodologías y técnicas (incluyendo aislamiento y caracterización de los agentes etiológicos) para la detección rápida de agentes patógenos que pudieran estar presentes tanto en la cadena alimentaria como en el medio ambiente (con el consiguiente riesgo de pasar a la cadena alimentaria).

◊ Desarrollo y normalización de procedimientos para el estudio  epidemiológico de enfermedades transmisibles entre los animales (domésticos y silvestres) y el hombre (zoonosis).

◊ Desarrollo de inmunoensayos basados en anticuerpos monoclonales para detectar y cuantificar toxinas de origen microbiano y vegetal que constituyen una amenaza para la salud ambiental y de los seres vivos.

◊ Estudio y desarrollo de metodologías que permitan una correcta trazabilidad de los alimentos y de sus componentes desde su origen hasta su llegada al consumidor.

◊ Programa de evaluación, prevención y control del riesgo biológico asociado a poblaciones animales-plaga  y su interés en Salud Pública, Calidad Medioambiental e Higiene Alimentaria.

◊ Investigación y control de residuos orgánicos y confirmación analítica.

◊ Desarrollo de metodologías avanzadas para el análisis de alergenos en alimentos.

◊ Caracterización molecular de mecanismos de resistencia en bacterias.