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El Centro de Vigilancia Sanitaria Veterinaria participa actualmente en 14 proyectos nacionales de investigación:| Referencia | Entidad | Duración |
| ● FAU2006-00017-C03-02 |
MEC | 2007-2009 |
| ● FAU2006-00011-C02-02 | MEC | 2007-2009 |
| ● SAF2006-14207-C02-02 | MEC | 2006-2009 |
| ● GEN2006-27767-E/PAT | MEC | 2007-2009 |
| ● FIS PI/06-1141 | MSC | 2006-2009 |
| ● RTA2006-00167-C02-02 | INIA | 2006-2008 |
| ● API06-005. COORD-2 | MEC | 2006-2008 |
| ● PR4106/06-15054 | UCM | 2007-2008 |
| ● AGL2005-04775/GAN | MEC | 2005-2008 |
| ● AGL2005-07792/GAN | MEC | 2006-2008 |
| ● PET2006-0196 | MEC | 2007-2009 |
| ● AGL2006-06206 | MEC | 2006-2009 |
| ● S-0505/AGR/000265 | CM | 2006-2009 |
| ● CEN-20072010 | MITC | 2007-2010 |