El Servicio de Micobacterias realiza un abordaje integral, aunando diagnóstico e investigación, de las enfermedades producidas por estas bacterias en animales domésticos y salvajes, utilizando nuevas metodologías para su estudio y diagnóstico. Presta una especial atención a las estrategias para su control y en evitar o disminuir el impacto que puedan tener en el hombre y los animales.

Los primeros trabajos se centraron en el estudio de la tuberculosis producida por Mycobacterium bovis y M. caprae, habiendo descrito a esta última bacteria como agente productor de tuberculosis en el hombre y los animales. En los últimos años también se viene dedicando una especial atención, al estudio de la paratuberculosis, enfermedad de inesperada difusión en España con grandes dificultades y problemas asociados a su diagnóstico y control. Este Servicio asesora a instituciones, centros veterinarios y ganaderías. Cabe destacar su actual nivel de colaboración en los programas de erradicación de tuberculosis con el actual Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino,  la Subdirección General de Agricultura y Alimentación de la Comunidad de Madrid y otros Gobiernos Autonómicos. Desde julio de 2008 es Laboratorio Comunitario de Referencia de la Tuberculosis bovina.

Así mismo, el Servicio de Micobacterias coordina actualmente los proyectos europeos VENoMYC y TB-STEP y participa en ParaTBTools.